本发明公开一种氢燃料电池汽车的PMSM电流谐波动态抑制系统，包括：切换控制模块、直流母线电压调节模块、补偿电压调节模块、动力源模块、电机调速模块、dq轴电流获取模块、SVPWM控制器、三相逆变器和永磁同步电机；其中，切换控制模块用于根据氢燃料电池汽车当前的运行模式和电流谐波畸变率，生成第一类切换信号或第二类切换信号；直流母线电压调节模块用于根据第一类切换信号或第二类切换信号对系统运行工况数据进行解析，得到PWM修正信号并反馈至动力源模块；补偿电压调节模块用于根据第二类切换信号对电流传感器传输的三相电流进行解析，得到dq轴补偿电压并反馈至电机调速模块。本发明可实现在不同车辆运行模式下的电流谐波抑制。