本发明公开了一种基于因果结构不变性的多中心慢性病预测装置，包括以下步骤，根据单个中心患者特征数据与其结局，建立每个中心的因果关系，使患者的特征数据在该因果关系下拟合其结局，根据患者的特征数据在该因果关系下的拟合结局对比实际结局的差异性，与不同医疗中心的因果关系之间的差异性共同修正该因果关系，当拟合误差和不同中心因果关系之间的差异达到预设要求时，该因果关系经噪声处理后得到多中心场景下稳定的因果结构；通过因果结构建立更为直观的因果结构图；通过因果结构图构建慢性病结局预测模型。本发明挖掘数据中更深层次的因果逻辑关系，解决了传统方法可解释性不足的问题，为慢性病决策支持提供更加合理的决策建议。