本发明涉及一种轨道车辆电子机械制动力检测异常的保护控制方法及系统，该方法包括以下步骤：电机控制器检测自身控制的夹钳和制动盘之间的压力值，基于力检测值确定电机控制器状态并上传至制动控制单元；制动控制单元根据列车制动需求计算总目标制动力，基于各电机控制器状态为各电机控制器分配各自的目标制动力；各电机控制器选择相应的控制模式执行各自的目标制动力。该系统包括存储器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的保护控制程序。本发明可有效的判断电子机械制动系统中的力检测值异常，制定合理的目标制动力分配策略、选择适应的控制模式，实现对异常状态电机控制器及其所控制的机械结构的保护，保持电子机械制动系统的制动性能。