一种针对微系统内FPGA及FLASH单元的测试方法，采用由PXI测试仪、多个通用IO测试板卡以及测试夹；PXI测试仪对测试向量进行编码，控制通用IO板卡提供测试通道，测试夹具保障测试对象的电气连接。测试系统具备针对测试对象的自动化测试能力，主要包含以SELECTMAP模式对FPGA编程的能力；以测试向量的形式提供FPGA、FLASH的测试激励的能力；采集并判断FPGA、FLASH测试响应的能力。此外，在FLASH测试过程中，可以使用专用测试适配板进行多路并行测试，有效减少FLASH测试时间，提高测试效率。