本发明涉及一种改善GCI燃烧方式燃烧稳定性的控制方法及系统，其中控制方法为获取发动机的缸压信号、油门位置信号、转速信号、进气温度信号和进气压力信号，根据缸压信号判断发动机是否燃烧稳定，若否，则根据油门位置信号、转速信号、进气温度信号和进气压力信号综合判断发动机是否处于低负荷工况，根据发动机的负荷工况选择控制策略，对实行控制策略后的燃烧状态进行实时判断，并进行控制参数动态调整，直至燃烧稳定。通过本技术方案能够提高GCI燃烧方式低负荷工况着火性，大幅降低高负荷工况出现爆震现象的频率，解决了目前GCI燃烧方式全工况范围内燃烧不稳定的问题。