本发明公开了一种并网运行微电网飞轮储能的短时脉冲型能量吸收系统，该系统包括：储能控制器、飞轮、九相永磁同步发电机、九相全控桥式电压型空间矢量脉冲调制逆变电路和电网；其中，储能控制器分别与九相永磁同步发电机和九相全控桥式电压型空间矢量脉冲调制逆变电路，九相永磁同步发电机的九相电机绕组中的任意三相对称绕组连接飞轮，电网通过直流母线连接九相全控桥式电压型空间矢量脉冲调制逆变电路，九相全控桥式电压型空间矢量脉冲调制逆变电路与九相永磁同步发电机的九相电机绕组连接构成短时脉冲型能量吸收结构。该系统有效吸收存储了外部瞬间冲击而引起的直流母线电压波动的短时大功率能量。