本发明提供一种半导体器件原位微区电流分布检测方法及系统，属于半导体器件检测领域，该方法包括：搭建NV色心检测平台；对半导体器件检测样品施加电流，使其导通；利用NV色心检测平台检测半导体器件检测样品正面的磁场强度；利用傅里叶变换、毕奥‑萨伐尔定律、电流密度连续性方程和半导体器件检测样品正面的磁场强度计算半导体器件检测样品正面的原位微区电流密度，以确定半导体器件原位微区电流分布。通过本发明提供的方法，能够探测半导体器件的磁场信号，从而反演获得半导体器件内部微区电流信息，实现半导体器件原位微区电流分布检测，获得半导体器件中载流子实际的输运过程，指导半导体器件设计。