本发明提供一种兼用于猪呼吸道和消化道的病毒载体递送系统及其应用，属于生物技术领域。该病毒载体递送系统，包括骨架质粒和辅助质粒：所述骨架质粒是在pUC57质粒中插入了B型猪肠道病毒全长cDNA后得到的；所述辅助质粒是将绿色荧光蛋白编码基因插入质粒pCAG‑T7‑polymerase中所得。本发明病毒载体递送系统，建效率高，感染细胞后能够快速产生细胞病变，病毒滴度可达到107.75 TCID50/mL，且保持稳定性高。在骨架质粒中插入猪呼吸道和消化道病原表位，无致病性，稳定性好，病毒滴度高，接种猪只后，具有较好的免疫效果。因此，本发明病毒载体递送系统可用于构建多种猪呼吸道和消化道疫苗候选毒株。