本申请公开了一种谐振器及其制备方法、外延膜转移方法和滤波器。其中，谐振器包括：支撑衬底、第一键合层、第二键合层，单晶压电薄膜、底电极和顶电极；支撑衬底具有一凹槽，凹槽开设在第一表面，并包括深度不同的多个子凹槽；第一键合层设置于凹槽内；第二键合层设置于第一键合层远离支撑衬底的一侧，与支撑衬底和第一键合层键合；单晶压电薄膜设置于第二键合层远离第一键合层的一侧；底电极设置在单晶压电薄膜靠近第二键合层的一侧；顶电极设置在单晶压电薄膜远离第二键合层的一侧。通过上述方式，第一键合层与支撑衬底的交界面可以给泄露的声波能量提供多重反射，改善声波能量自谐振区向非谐振区的泄漏情况，提高谐振器性能。