本发明公开了一种大型集装箱船甲醇舱系统，包括第一甲醇舱、第二甲醇舱和第三甲醇舱，第一、第二和第三甲醇舱相邻设置，第一、第二和第三甲醇舱内部均设有甲醇舱清空系统，第一、第二和第三甲醇舱外部整体设有甲醇舱保护系统，第一、第二和第三甲醇舱内部均设有深井泵和内凹的吸油井，相邻甲醇舱之间设有联通阀，甲醇舱保护系统包括隔离空舱，隔离空舱两侧分别设有加注管路，两个加注管路的底部出口端分别连通横向管的两端，沿水平方向在横向管上均匀布设喷淋头，隔离空舱底部设有舱底喷射泵，舱底喷射泵的出口管路分别连通排岸管路和排舷外管路。使用本发明降低了甲醇舱清舱作业的成本和甲醇隔离空舱的舱底水处理难度。