本发明公开了一种轨道交通车辆及柴油机保温方法、系统，获取环境温度，拟合得到冷却水温降速率与所述环境温度的关系；利用冷却水温降速率、线路无电区段剩余运行时间获得冷却水温温升速率；利用冷却水温温升速率计算冷却水温加热功率；计算实际冷却水温度变化率与理论冷却水温度变化率之间的偏差，将偏差作为PI控制器的输入；利用冷却水温加热功率、PI控制器的输出计算加热装置电压，根据该计算的电压调节加热装置的输出功率；加热装置的膨胀水箱与循环水泵、柴油机、机油热交换器连通。本发明可以减少当循环水泵和加热器反复启停，给机车车辆辅助供电或者列车供电带来过大的负载切投引起的输出电压振荡的现象，提高了柴油机保温的可靠性。