本发明公开了一种基于轻量化三维模型的无人机航迹规划方法与系统，方法包括：针对基建工程模型的预设目标部位，在模型坐标系构建模型包围盒；在模型包围盒上拾取航迹点，通过设定编号和顺序生成飞行航迹；对飞行航迹与模型包围盒之间进行距离测量，并调整航迹点位置；按飞行航迹模拟飞行并进行动态碰撞检测，进一步调整航迹点位置和更新飞行航迹；基于定位点的地理坐标和模型坐标，将所有航迹点的模型坐标集合转换为地理坐标集合，并生成通用格式文件和导入适用具体无人机机型的航迹设定软件，实现无人机依据该飞行航迹的自动化飞行。本发明在基建三维设计完成后即可进行无人机航迹精细化规划，而且可与通用无人机航迹设置软件兼容对接。