一种PEMFC燃料电池脉冲排水系统，属于燃料电池领域，尤其涉及燃料电池的排水管理；解决了现有PEMFC燃料电池所存在的不能及时排出阴阳两极的水造成水淹现象以及余热品味低难以回收的问题；所述系统包括PEMFC发电电池堆以及反应气体循环供应管路；所述反应气体循环供应管路，用于向所述PEMFC发电电池堆供应反应气体，还用于将所述PEMFC发电电池堆内部的电化学反应所生成的水从所述PEMFC发电电池堆中排出，还用于将所述PEMFC发电电池堆内部的电化学反应所生成的尾气回收，还用于将回收的尾气润湿后作为反应气体循环供应给所述PEMFC发电电池堆。本发明适用于排出PEMFC燃料电池电极的水、润湿PEMFC燃料电池电极的反应气体以及回收利用PEMFC燃料电池电极的余热。