本发明涉及一种轨道电子地图数据验证方法及系统。现有轨道电子地图的验证方法无法识别多次测量的重叠错误。本方法利用线路竣工资料与站场竣工资料对轨道地理信息数据的完整性和正确性进行验证；提取信号设备平面布置竣工图的关键点对轨道电子地图的关键点数据的完整性和正确性进行验证；对轨道地理信息和关键点进行二次测量，基于二次测量数据对轨道电子地图的轨道地理信息数据和关键点数据的精确性进行验证。本发明将铁路竣工资料引入轨道电子地图数据的完整性和正确性验证，采用重复测量法验证电子地图的精确性，为电子地图数据的验证提供了一整套完整的技术方案，可以识别出数据匹配错误、拓扑关系错误、数据不完整、数据精度不够等问题。