本申请公开了一种自动码垛控制系统，该系统包括控制模块与机器人码垛模块；其中，所述控制模块包括IO信号采集模块与PLC，所述IO信号采集模块用于采集各区域设备状态信息，并将区域设备状态信息上传至PLC，PLC用于对接收的区域设备状态信息进行逻辑判断，控制区域设备的运作，并通过所述IO信号采集模块输出对各设备的控制指令；所述机器人码垛模块用于接收所述控制模块输出的控制指令，控制机器人的码垛流程与码垛位置，所述机器人码垛模块还用于对区域设备的状态检测。本发明通过控制模块控制机器人进行产品的转运，无需由人工码垛至库房货架上，提高了生产效率，节约了人工成本。