本发明提供一种烯丙孕素组合物的制备方法，包括以下步骤：S1、取羟丙基‑β‑环糊精溶解于水中形成溶液A，取烯丙孕素溶解于有机溶剂形成溶液B；S2、将溶液A和溶液B混合进行包合反应，得到第一包合液；待冷却至室温后，将第一包合液在4℃条件下放置12～24小时，得到第二包合液；S3、去除第二包合液中有机溶剂，溶解于水中并过滤，收集滤液进行干燥处理，即制得烯丙孕素组合物。本发明提供的制备方法最大程度地实现对烯丙孕素的包合，保证了烯丙孕素组合物的包合率和产率；且该组合物提高了烯丙孕素在水中的溶解度和溶出度，改善了烯丙孕素的生物利用度。