本发明涉及智能机巢技术领域，公开了一种基于智能机巢辅助协同的多无人机自适应作业方法，包括机巢端和无人机，还包括以下步骤：每架无人机按照预测的初始信息进行飞行，每架无人机到达对应目标位置后，给机巢端反馈相应信息，并记录目标情况和未作业目标；若有无人机发现新的目标，无人机向机巢端发出请求，机巢端默认发现新目标的无人机作为该目标的最优作业对象；机巢端根据预设好的优化算法，将每架无人机当前代价信息和原本作业信息作为输入，输出更新后的新作业目标集合，并发送至对应无人机上；不同的无人机收到机巢端的信息，自适应调整无人机的姿态；本发明具有解决无人机远程协同交互和分配新工作的问题、提高任务工作效率的优点。