本发明公开了一种基于轮廓配准的声呐图像目标边缘补全方法及系统，包括：输入待补全声呐图像与具有完整轮廓的参考声呐图像；对输入的两个图像采用阈值分割方法进行初步分割，消除扇形边界噪声亮点，获取声呐二值图；基于多结构元素形态学运算对两各声呐二值图进行边缘检测提取轮廓线；对轮廓线图提取surf特征点，用K近邻匹配法匹配特征点，将最近邻匹配对里面欧式距离比率大于设定阈值的匹配对剔除；采用移动最小二乘法对参考声呐图像进行仿射变换；将参考轮廓对应位置的参考图上的像素点填充到待补全图像的残缺区域，以补全边缘轮廓。本发明能够有效解决声呐成像过程中声波传播路径的扭曲或折射导致的目标边缘信息丢失问题。