本发明公开了一种手性2‑羟甲基吗啉‑4‑羧酸叔丁酯的制备方法，通过将2‑氯乙胺盐酸盐或2‑溴乙胺氢溴酸盐在溶剂中脱去氯化氢或溴化氢后，与手性的苄基缩水甘油醚发生开环反应，得到手性3‑((2‑氯乙基)氨基)‑1‑苄氧基‑2‑丙醇(II)，然后化合物(II)经BOC保护氨基，得相应的N‑BOC‑3‑((2‑氯乙基)氨基)‑1‑苄氧基‑2‑丙醇(III)；化合物(III)在碱的作用下发生关环直接得到手性的2‑苄氧基吗啉‑4‑碳酸叔丁酯(IV)；化合物(IV)在Pd/C催化剂作用下氢化脱去苄基得到目标产物手性2‑羟甲基吗啉‑4‑羧酸叔丁酯(I)；该方法简单实用，具有成本低廉、环境友好、收率高、产物纯度高的优点，适用于工业化生产。