本发明提出一种主动预燃室发动机的燃烧仿真优化方法及系统，涉及发动机的技术领域，包括获取用于描述主动预燃室发动机的控制方程组；基于控制方程组，分别构建燃烧模型和喷雾模型；获取预设的主动预燃室多设计参数矩阵，基于主动预燃室多设计参数矩阵，构建主动预燃室发动机数模矩阵；基于主动预燃室发动机数模矩阵，构建主动预燃室发动机数模矩阵的计算域；基于燃烧模型、喷雾模型和计算域，构建主动预燃室发动机燃烧仿真模型矩阵，对主动预燃室发动机燃烧仿真模型矩阵进行仿真计算，得到仿真结果。本发明能够有效提升了发动机性能的开发效率和质量，降低了研发成本和研发周期。