本发明提供一种飞行器软件冗余备份与修复方法，包括以下步骤：将FPGA数据体前部添加文件头和后部添加时钟，构成FPGA软件；将飞行器软件的数据冗余备份存储在FLASH的A、B两区中；一级BootLoader引导软件启动后，读取FLASH中A，B区的二级BootLoader引导软件；读取FLASH中A，B区的应用软件；对FPGA软件按启动流程启动，加载对应分区的FPGA软件；进行双区校验，根据校验结果，进行软件修复，将校验正确FLASH区的软件烧写到校验错误的FLASH区。本发明降低飞行器软件出现FLASH位反转问题，降低了飞行器软件的维护成本。