本发明公开了一种单样本宏基因组聚类方法、系统、终端及存储介质，所述方法包括：根据待处理的原始鸟枪数据集和原始高通数据集得到鸟枪数据集和高通数据集；根据鸟枪数据集得到重叠群文件，并根据重叠群文件和高通数据集得到映射数据文件；根据重叠群文件构建组装图，根据重叠群文件和映射数据文件构建高通图，根据重叠群文件进行特征提取处理，得到节点第一视图和节点第二视图；将组装图、高通图、节点第一视图和节点第二视图输入深度聚类模型，深度聚类模型根据组装图、高通图、节点第一视图和节点第二视图进行聚类操作，得到最终的聚类标签结果。本发明提高对单样本宏基因DNA重叠群的聚类性能，使得聚类结果更加准确。