本发明公开了一种胃环境稳定的纳豆激酶微胶囊的制备方法，属于食品加工领域。本发明通过静电喷雾技术制备了有三维网状结构的纳豆激酶‑海藻酸钠微胶囊，再利用静电相互作用使壳聚糖与海藻酸钠形成一层聚电解质膜包覆微胶囊，制得纳豆激酶‑海藻酸钠‑壳聚糖微胶囊为白色规则球体，粒径约为367μm，包埋率约为60％。纳豆激酶在人工胃液中活性迅速消失，经过纳豆激酶微胶囊保护后的纳豆激酶在人工胃液中2小时后保留80.41％的酶活。本发明方法制备的产品可以避免胃环境对纳豆激酶活性的破坏，使其能顺利通过胃酸环境并保留一定的酶活，最终在肠道中释放，有效提高纳豆激酶的稳定性。