本发明属于猪基因组育种芯片技术领域，具体公开了一种基于干扰转录因子结合强度的猪功能突变位点基因芯片及其构建方法和应用。该芯片充分考虑到基因组调控元件的调控作用对突变位点的影响，从海量的猪基因组功能突变位点中筛选出干扰转录因子结合强度更高的81,000个突变位点，与传统的猪育种芯片和已有的功能位点相比，本发明提供的芯片上的每个标记与表型关联更加紧密，采用基于转录因子干扰作用设计的功能位点芯片进行育种可提高后续育种值计算准确性，从而提高育种效率。