本发明公开了一种多无人艇协同区域封控与覆盖巡逻系统及方法。地面站控制中心模块根据任务需求给全体无人艇发布命令；组合导航模块能够实时测量各无人艇的位姿信息；雷达探测模块能够在水面探测范围内发现其它友方协同无人艇和可疑目标无人艇；协同规划控制模块可以根据地面站控制中心模块发布的任务指令，以及组合导航模块测量得到的各无人艇位姿信息，通过区域封控和覆盖巡逻算法实时计算各无人艇的期望航向和期望速度，从而完成区域封控与覆盖巡逻任务。本发明可以根据任务区域大小合理计算封控、巡逻无人艇的数量及初始位置，通过各无人艇间主动交互能力，稳定进行区域封控和巡逻任务。本发明合理可靠，可有效地提高区域封控与巡逻效率。