本发明公开了防治电压越限的配电网光储双层协同优化运行方法及系统，涉及光储双层协同优化技术领域，包括读取当前时刻的配电网运行状态，输入网络参数；使用上层策略进行治理，确定储能当前时刻出力初值；使用下层策略进行优化，求得光伏和储能出力。本发明综合考虑光伏无功调节与储能有功充放电对配电网电压越限进行治理，上层根据可调光储节点数，确定投入的储能节点与有功出力，以及光伏无功可调节点；下层策略建立了光储运行优化模型。该模型以储能的调度成本、购售电成本以及网损成本之和最小为目标，考虑了网络运行和设备容量等约束，通过粒子群算法对模型进行求解，得到光储系统日调度出力。