本发明公开了一种性能孪生体构建方法及系统，包括：根据装配对象的几何物理参数和运动约束关系，建立装配对象的理论仿真模型，得到低精度模型输入样本；采集装配对象的几何物理参数实测数据，得到高精度模型输入样本；基于变可信度代理模型建模方法，融合高精度模型输入样本和低精度模型输入样本构建性能孪生体；根据性能孪生体预测装配对象的装配精度与结构力学性能，评估得到满足性能要求的性能孪生体。本发明以变可信度代理模型构建性能孪生体，同时考虑核函数与学习函数的双函数自适应选择方法代替传统的人工选择，提高高保真性能孪生体系统建模效率，对装配对象的性能监测、优化控制、装配调控具有重要意义。