本申请涉及一种燃料电池发动机的控制方法、装置、车辆及存储介质，燃料电池发动机包括空压机、四通阀、三通阀、增湿器、氢气稀释装置和电堆，四通阀的输入端与空压机相连，四通阀的输出端分别与增湿器、氢气稀释装置和三通阀的输出端相连，三通阀的输出端还与增湿器和大气相连，三通阀的输入端与电堆的阴极出口相连，方法包括：根据车辆的倾斜角度和发动机功率确定三通阀的开启状态，并在堆内温度小于预设温度时开启四通阀的第一输出端和四通阀的第三输出端，并关闭四通阀第二输出端，且利用空压机加压后的空气为三通阀和三通阀与增湿器之间的管路加热。由此，解决了相关技术未考虑电堆阴极出口水回流情况，导致电堆水淹、反应效率下降等问题。