本发明一种低压配电台区柔性互联系统的运行控制方法，属于电力技术领域。包括以下步骤，判断是否有扰动，若有扰动则生成待消纳扰动序列，建立低压配电台区柔性互联系统调整控制目标；以实现控制目标且使得线损最小为目标建立低压配电台区柔性互联系统调整方案并进行优化求解；在求解结果的基础上根据各台区的实际运行情况，以各台区的受限负荷最小和柔性系统负载均衡率均差最小为目标建立低压台区调整方案并进行优化求解，得到柔性互联系统的运行控制方案。本发明在降低持续性扰动对低压配电台区柔性互联系统造成影响的同时使运行控制过程中低压配电台区柔性互联系统中的柔性交互设备损耗最小、负载均衡率最优、各台区的受限负荷比例最小。