本发明公开了一种适用于不同流量的梯级枢纽船舶智能调度方法及系统，方法包括：实时全方位收集梯级枢纽间的水文环境信息，对水文环境信息进行预处理,构建水文环境预测模型，对短期内的水文环境变化情况进行预测，获得水文环境预测结果；结合流域内水文环境预测结果、通航设施运行参数及调度规则，运用多Agent仿真技术，构建不同流量下的梯级枢纽过闸船舶交通流预测模型；根据航段航道的特点、锚地信息、水文信息以及船舶在航信息，结合不同流量下的梯级枢纽过闸船舶交通流预测模型，对关键因素进行参数化处理，模拟不同水文条件下通航系统的运行，进而对梯级枢纽过闸船舶调度安排给出最优决策信息；实现梯级枢纽过闸船舶的智能调度。