本发明公开一种基于FPGA高精度同步的时分频谱搬移中继方法及系统，该方法包括：获取FPGA中时间t时输入信号的幅度、输入信号的持续时间、输入信号的中心频率、输入信号频谱的宽度和输入信号的频率相位，并设置输入信号的频谱表示函数；获取时间t时频谱搬移的频率偏移量，设置输入信号的频率响应函数，其中，所述频率响应函数包括：表示信号同步的调制特性的输入信号的同步函数；根据所述频谱表示函数和频率响应函数，设置时分频谱搬移中继模型，输入信号经过所述时分频谱搬移中继模型处理后，生成时间t时经时分频谱搬移中继处理后的输出信号，从而完成信号搬移。