本发明公开了一种生物选煤用HPAM计算机即时监控方法，涉及废水处理技术领域，其步骤方法如下：S1：菌种培养，S2：菌株驯化，S3：计算降解率，S4：真菌降解实验，S5：分子对接，S6：MD模拟计算细节，S7：即时监控运动轨迹，通过即时监控运动轨迹，从而得到复合物在100纳秒内运动轨迹；MD可预测酶在不同条件下能量和构象变化及如何修饰酶以提高其活性和稳定性；单独使用MD可能不足以为特定反应或底物设计酶，因此将分子对接和MD结合实验以助于对酶降解机理全面理解，通过采用降解试验结合计算机模拟等技术手段有利于从生物酶角度在分子水平上深入探究酶降解HPAM机理。