本发明涉及防淤清淤技术领域，具体涉及一种基于水深变化的智能清淤方法及控制系统；本发明在对航道清淤时，首先对航道进行分段处理，然后根据每段航道的水深对该段航道进行分类，根据不同类别航道采用不同航道智能清淤方法，尤其是针对第一航道类型，根据该段航道污泥易淤积特点，通过支持向量机结合航道的位置以及历史泥沙淤积量，可实现清淤深度的准确有效的智能预测；并且，对于第二航道类型不易发生淤泥淤积特点，采用固定模式确定航道清淤方案；通过本发明的方案，可提高清淤方法制定的针对性和效率。