本发明公开一种基于水调来水预测的电站防洪闸门调度方法及系统，包括以下步骤：S1、确定各防洪闸门的位置及规格信息，以及对各防洪闸门编号；S2、在选定的时间周期，基于气象数据估算水电站流域的来水量信息，以及采集河道水面的图像数据，计算出水电站大坝指定距离范围内的水流线信息；S3、确定出相应的河道截面的流速数据；S4、在水电站大坝指定距离范围内，在指定的时间范围内累加泥沙沉积效应；S5、将所确定的水电站大坝指定距离范围内的泥沙沉积效应，与各防洪闸门的位置进行位置关联；S6、对防洪闸门进行调度；本发明可避免泥沙的长时间沉积累积，提高了水电站整体的运行安全性和可靠性，可为水电站防洪闸门调度的有效参考与指导。