本申请涉及燃料电池技术领域，特别涉及一种燃料电池系统、车辆、湿度控制方法及存储介质，其中，系统包括：燃料电池、增湿器、加热器和控制器，其中，燃料电池包括电堆、空气出口和空气入口；增湿器对空气增湿后通入空气入口；加热器设置于空气出口和增湿器之间，用于加热空气出口的空气后通入增湿器；控制器用于根据电堆内部的需求湿度和当前湿度计算空气出口的目标温度，根据目标温度调节加热器的加热热量，以调节电堆内部的当前湿度。由此，解决了相关技术中由于增湿器可能会累计过量的水流入电堆内部，从而导致电堆内部湿度过高，进而影响燃料电池系统的性能等问题。