本发明公开了一种与硃砂烟呈现樱桃红的基因CR紧密连锁的共显性SSR标记及其应用，所述的与硃砂烟呈现樱桃红的基因CR紧密连锁的共显性SSR标记的编号为TM18659和TM26687，其PCR扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。本发明包括所述的与硃砂烟呈现樱桃红的基因CR紧密连锁的共显性SSR标记在检测烟草基因组DNA中是否存在纯合基因型CRCR而在烘烤后烟叶中呈现樱桃红特征的硃砂烟品种中的应用。本发明所述的共显性SSR标记具有稳定、简捷、快速、低成本和无检测时期限制的特点，因此该分子标记可以作为硃砂烟育种中“樱桃红”基因CR分子标记辅助选择的应用。