本发明涉及一种火箭子结构模态偏差与全箭模态偏差传递评估方法，属于航天运输系统技术领域。该方法对火箭全箭进行有限元建模，并划分子结构，对子结构和全箭模态开展仿真分析；对子结构开展模态试验，获取子结构模态参数，与子结构仿真分析结果对比得到子结构模态参数偏差；采用基于混合界面的模态综合方法，将全箭分为带偏差子结构和不带偏差子结构，在偏差区间内选取大量点进行模态综合计算，得到全箭模态的结果；将基于带偏差子结构的全箭模态综合计算结果，与无偏差下的全箭模态仿真分析结果进行对比，统计得到全箭模态偏差。本发明根据火箭子结构模态偏差计算得到全箭模态偏差，应用于采用子结构模态试验的火箭全箭模态偏差计算。