本发明公开了一株产胶原蛋白酶的球形赖氨酸芽孢杆菌及其在组织分离中的应用，属于生物技术领域。本发明针对现有技术的不足，提供了一株能够产胶原蛋白酶、降解胶原蛋白的菌株及其在细胞分离中的应用。该菌株属于Lysinibacillus菌属，能够分泌胶原蛋白酶，可用于脂肪组织分离和干细胞的获取。本发明提供的球形赖氨酸芽孢杆菌JN‑51，已保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏编号为CGMCC NO.29954，所述球形赖氨酸芽孢杆菌JN‑51及其发酵液可在生物医药领域、食品加工领域、制革工业、药物传递、环境保护领域、化妆品领域、医疗治疗领域中水解蛋白的应用。