本发明公开了基于非冗余德布鲁因图的DNA存储数据重建方法及系统，涉及DNA存储技术领域；包括将莱文斯坦距离小于等于设定阈值的DNA序列划分到同一个聚类子图；将DNA序列之间具有最小莱文斯坦距离的节点连边，度数最大的节点代表该聚类子图中的骨干序列；将骨干序列作为测序数据对齐的模板序列，构造束搜索图；根据束搜索算法进行错误纠正和筛选最佳优选路径，得到共识序列；构造非冗余德布鲁因图；删除权值低于设定阈值的边所连接的节点；根据非冗余德布鲁因图中节点信息以及共识序列进行路径选择；路径选择后的序列即为重建后的序列。本发明能够在保持数据完整性的同时，尽可能减小对存储密度的影响，从而实现更为高效和可靠的DNA数据存储。