本发明提供了一种基于左心室辅助装置的自适应脉动流生理控制方法，所述方法主要包括状态判断安全模块、抽吸反流控制模块和脉动流生理控制模块。安全判断模块的引入用来控制血泵的执行方式，避免不同控制器之间发生冲突，若血泵出现抽吸或反流现象，则控制系统优先执行抽吸或反流控制，待血泵工况判定为安全时执行脉动流生理控制。本发明的脉动流生理控制器能根据实时获取的代表患者活动水平的心率HR和外周阻力Rs共同调节患者实际所需，并能通过合成与心动周期同频同步的方波转速，在满足患者不同生理状态的血液灌注基础上提高血液脉动性。