本发明涉及一种双酶协同制备低GI麦芽糊精的方法，属于淀粉生物技术领域。本发明通过将淀粉颗粒分散于水中得到淀粉乳；向所得淀粉乳中加入淀粉分支酶Ro‑GBE，升温进行糊化反应，降温后继续恒温反应，得到反应液1；将所得反应液1降温后，添加β‑淀粉酶与酵母进行反应，得到反应液2；将得到的反应液2干燥，得到所述低GI麦芽糊精。本发明经酶法改性后的产物分支度增加，相对分子质量降低，形成了高支化的小分子结构，从而延缓了产物的消化性，增强了产物的溶解性及溶液稳定性。本发明采用淀粉分支酶及β‑淀粉酶对淀粉进行协同二次酶解修饰，效果显著，可将产物中的快消化组分降低42.71％，产物冷水可溶，且溶液于4℃中储存30d后透明度仍可达到90.00％以上。