本发明涉及一种海洋微塑料智能检测系统及方法，属于微塑料检测技术领域，其中，该系统包括：无人艇取样模块，无人艇取样模块包括无人艇，用于控制无人艇前往预设的目标海水区域收集目标海水区域的初始水样；微流控芯片处理模块包括微流控芯片，用于将初始水样和处理液送入微流控芯片中进行处理和混合，得到微塑料检测水样；水样识别检测模块，用于对微塑料检测水样进行检测，得到检测结果。本发明通过结合无人艇和微流控芯片技术，极大降低了检测人员海上作业的风险的同时，有效提高了检测的效率和精度。