本发明公开了一种根茎类中药材种苗自动分离封装收卷机及其操作方式，属于农业机械技术领域，包括：机架、分苗装置、取苗装置、输送装置、热熔封装装置、镇压装置和收卷装置；本发明集分离、输送、识别、封装和收卷为一体，可实现堆积成捆的根茎类中药材种苗单一分离，完成根茎类中药材种苗带自动封装收卷作业，减少人工辅助投苗作业成本，同时采用种苗带技术代替人工移栽，减少人力投入，提高根茎类中药材移栽作业效率，降低农民生产成本，减轻劳动强度，相比人工投苗更能保证根茎类中药材种苗移栽行株距、栽植深度的统一，实现规范化种植，有利于大规模推广应用。