本实用新型涉及矿井通风的技术领域，公开了一种多巷道通风控制系统，包括进风管道、出风管道和多组负压风机，进风管道和出风管道均安装在矿井的内部，且进风管和出风管的两端分别与外界空气和矿井巷道的空气连通设置；多组负压风机分别间隔固定设置在进风管道和出风管道的内部，且进风管道内的负压风机和出风管道内的负压风机进风方向相反；进风管道远离矿井巷道的一端设置有空气过滤组件；多个风压风机上均设置有控制负压风机启动的控制件。通过设置进风管道、出风管道、多组负压风机、过滤组件和控制件，增加矿井内部巷道内的新鲜空气量，矿井巷道内的空气经出风管道流入到外界空气中，从而增加外界与矿井内部的换气效果。