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公开(公告)号：CN105989249B
公开(公告)日：2019-03-15
申请号：CN201510084489.X
申请日：2015-02-16
Applicant: 南京无尽生物科技有限公司 , 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G16B30/00
Abstract: 本申请提供一种利用锚点序列对待组装序列进行压缩并进行基因序列组装的方法，包括获取一待组装序列集的数据和多个锚点序列的数据；利用所述多个锚点序列，对所述待组装序列集中的每一个待组装序列进行压缩以获得该待组装序列的索引表，其中所述索引表以锚点序列的标号的序列来表示；以及利用所述待组装序列集中各待组装序列压缩得到的所述索引表进行比对并构建组装骨架。
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公开(公告)号：CN108346465A
公开(公告)日：2018-07-31
申请号：CN201710066344.6
申请日：2017-01-22
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
Inventor： 马占山
Abstract: 本发明涉及生物群落物种多样性和集合群落物种特异度的评估方法，发明一种全新的“物种特异度之多样性”的概念和定量评估方法。新发明能够综合“物种分布多度”和“分布范围”的信息，同时对物种的稀缺程度(或常见程度)之间的异质作出定量评估。发明所涉及的生态群落包括宏观生态群落和微生物生态群落(特别是人体菌群)。本发明能够：①确定群落的核心物种，以此将群落分类(分型)。②比较集合群落间的差异，鉴定(监测)集合群落中的特殊物种。③通过对核心物种或特殊物种的监测，为诊断菌群相关疾病、预测其发生风险和干预治疗提供科学的预测和决策指标。本发明也可应用于农作物、经济作物等宏观生态群落中病虫害的预测、监测和防治决策中。
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公开(公告)号：CN112951326A
公开(公告)日：2021-06-11
申请号：CN201911299315.X
申请日：2019-12-11
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
Abstract: 本发明涉及生物信息技术及医疗健康领域，针对女性细菌性阴道炎(Bacteria Vaginosis：BV)的个性化风险评估、精准诊断、治疗和愈后(复诊监测)，公开了一类由阴道细菌组成的网络三角基序(trio motif)及其应用。基于优势度网络分析框架，发明人分析比对了健康个体和BV患者的阴道微生物菌群，从中筛选出十五种BV患者特有的细菌网络三角基序，其中十二种为“有症状BV”(symptomatic BV)患者所特有，另外三种在“有症状”和“无症状BV(asymptomatic BV)”患者中均有出现。每个网络基序均由三个阴道细菌物种通过特定的相互作用关系连接组成。该类阴道细菌组成的网络三角基序可用于BV的诊断和风险评估，同时也为BV的个性化精准治疗及愈后监测提供了全新靶点。
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公开(公告)号：CN108078540A
公开(公告)日：2018-05-29
申请号：CN201611126939.8
申请日：2016-11-23
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
Inventor： 马占山
IPC: A61B5/00
Abstract: 本发明主要针对机体健康评估及微生物菌群相关疾病的个性化诊断，提出并验证了一种基于人体菌群互作网络分析的评估和诊断方法。该方法旨在检测菌群互作网络中15种包含特殊功能节点的三角形基序(trios)数量，其中包括无特殊功能节点分支和有功能节点分支两大类，前者又根据3个节点间的正负关系分为6个型，后者根据功能节点与三角基序间的作用数目和正负关系分为9个型。发明人通过分析人体包括肠道、阴道、肺、口腔、精液及皮肤6个部位的微生物菌群数据，发现菌群互作网络中特殊trios的数量在实验组/疾病组与健康对照间存在显著差异。该发明为机体健康和疾病发生风险评估提供了有效的参考指标，为个性化诊断微生物菌群相关疾病提供了可靠的技术支持。
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公开(公告)号：CN113122646A
公开(公告)日：2021-07-16
申请号：CN202010072903.6
申请日：2020-01-15
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
Abstract: 本发明涉及生物信息技术及医疗健康领域，公开了一类炎性肠病(IBD)特异性微生物检测靶标及其应用，其特征在于这类靶标涉及Clostridium tertium，Odoribacter splanchnicus，Ruminococcus gnavus和Flavonifractor plautii四种细菌中的任意一种或数种。本发明基于微生物物种组成及物种间复杂网络结构等分析，通过比较IBD患者和健康对照肠道黏膜菌群间存在的差异，从众多候选微生物中筛选出上述四种细菌。这四种细菌与IBD的发病及病情恶化间存在显著的相关性。通过检测粪便或肠道黏膜内这四种细菌的变化，可辅助IBD的诊断和相关治疗效果的评估。这四种细菌也可作为治疗靶标，用于包括药物、益生菌及粪便移植等在内的任何IBD治疗当中，同时也为IBD相关治疗制剂和治疗策略的研发提供了思路和基础。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110021338A
公开(公告)日：2019-07-16
申请号：CN201711223008.4
申请日：2017-11-20
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G16B5/00
Abstract: 本发明公开了一种定量监测微生物群落结构变化趋势的方法，具体指基于微生物群落多样性Hill numbers指数与时间关系的幂法则标度模型来监测或预测群落多样性随时间变化的方法。根据被测区域内微生物群落多样性(Hill numbers)指标，通过建立“幂法则标度模型”和“指数截断的幂法则标度模型”，分别构建累积群落多样性指数与累积采样时间之间的数学模型，并根据模型参数获得一套评估体系，从而能够有效地评估或预测群落多样性随时间的变化。该方法可用于监测或预测自然界中各种(包括人体、食品、水质、土壤等)微生物生态群落多样性随时间的变化，特别是人体微生物菌群，从而为菌群相关疾病的个性化精准诊治以及健康菌群的监测和预测提供定量化指标。
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公开(公告)号：CN110021337A
公开(公告)日：2019-07-16
申请号：CN201710949841.0
申请日：2017-09-29
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G16B5/00
Abstract: 本发明公开了一种预测和评估微生物群落结构的方法，具体指基于物种多样性指数与区域范围关系的幂法则标度模型来预测区域内微生物群落多样性分布的方法。本发明对采样位点进行随机抽样排序和累积，获取累积采样位点下的累积物种多样性，并通过幂法则和指数截断的幂法则标度模型分别构建数学模型。重复上述抽样拟合过程若干次，根据模型的平均参数构建一套综合评估体系，该体系可有效监测或预测微生物群落物种多样性在监测区域内的分布规律。本发明可用于自然界中各类微生物生态群落分布和结构的监测或预测，特别适用于人体微生物菌群。通过预测菌群的结构，本发明可用于人体健康状况的评估，并为菌群相关疾病的个体化诊断和治疗提供定量化指标。
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公开(公告)号：CN107616223A
公开(公告)日：2018-01-23
申请号：CN201610584196.2
申请日：2016-07-14
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: A23C9/12
Abstract: 本发明涉及生物信息技术和医疗健康领域，主要针对产妇因饮食、代谢疾病、孕周等因素导致的母乳质量降低问题，公开了一类可以同时改善母乳或配方奶粉中多种代谢产物的微生物及其应用.发明人通过数据分析和生物信息学分析得到的微生物隶属于丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)细菌和芽孢杆菌属(Bacillus)细菌，其中丛毛单胞菌科细菌可以提高母乳中二十二碳六烯酸，也即通常所称的“脑黄金”，以及肌醇的含量，并与芽孢杆菌属细菌联合抑制无益代谢产物丁醛的升高.该类微生物的发现为制定全面改善母乳质量的饮食调节、生物制剂及化学制剂的方法奠定了生物学基础，为通过生物制剂和化学制剂手段提高配方奶粉营养成分奠定了技术开发基础。
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公开(公告)号：CN119380822A
公开(公告)日：2025-01-28
申请号：CN202310957979.0
申请日：2023-07-27
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G16B40/00
Abstract: 本发明涉及对不同环境下生态群落特殊物种的筛选，发明了一种综合应用丰富度一分布指标和随机检验筛选群落特殊物种的方法。本发明综合应用丰富度一分布指标和随机检验，排除组间和组内样本之间的随机差异，筛选出环境特有物种和优势物种。筛选出的特有物种和优势物种可以作为环境的标记物，可以通过这些特殊物种对群落进行分型。发明所涉及的生态群落包括宏观生态群落(如农田、果园、森林、草原、珊瑚礁等)和微生物生态群落(动物、植物、环境微生物、特别是人体菌群微生态群落)。对于宏观生态群落，筛选出的特殊物种可以作为环境状态的监测指标。对于微观生态群落，筛选出的特殊物种可以作为监测宿主状态和疾病诊断的指标。
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公开(公告)号：CN119377722A
公开(公告)日：2025-01-28
申请号：CN202310958021.3
申请日：2023-07-27
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G06F18/24 , G06F18/214 , G06F18/23 , G06N3/0464 , G06N3/08 , G06N5/04
Abstract: 本发明涉及女性生殖道微生物菌群分型领域，发明了一种应用微生物菌群生态学指数和人工智能技术对女性生殖道微生物菌群分型的方法。生态学指数包括多样性指数、优势度指数(群落优势度和物种优势度)、物种丰度，根据生态学指数聚类结果把女性生殖道微生物菌群分为简单菌群和复杂菌群。使用分型结果训练并验证人工智能模型，人工智能模型可用于对其她女性生殖道微生物菌群进行分型，以此不断优化人工智能模型。由于不同类型的微生物菌群的致病机制可能不同，本发明的方法技术有助于细菌性阴道炎的个性化诊断和治疗。本发明不仅适用于女性生殖道微生物菌群分型，也可对人体肠道、口腔、皮肤、生殖系统、肺、母乳、分泌物等微生物菌群分型。
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