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公开(公告)号：CN110021337B
公开(公告)日：2021-06-25
申请号：CN201710949841.0
申请日：2017-09-29
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G16B5/00
Abstract: 本发明公开了一种预测和评估微生物群落结构的方法，具体指基于物种多样性指数与区域范围关系的幂法则标度模型来预测区域内微生物群落多样性分布的方法。本发明对采样位点进行随机抽样排序和累积，获取累积采样位点下的累积物种多样性，并通过幂法则和指数截断的幂法则标度模型分别构建数学模型。重复上述抽样拟合过程若干次，根据模型的平均参数构建一套综合评估体系，该体系可有效监测或预测微生物群落物种多样性在监测区域内的分布规律。本发明可用于自然界中各类微生物生态群落分布和结构的监测或预测，特别适用于人体微生物菌群。通过预测菌群的结构，本发明可用于人体健康状况的评估，并为菌群相关疾病的个体化诊断和治疗提供定量化指标。
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公开(公告)号：CN113012810A
公开(公告)日：2021-06-22
申请号：CN201911351370.9
申请日：2019-12-18
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
Abstract: 本发明涉及生物信息技术及医疗健康领域，公开了基于网络分析技术挖掘群落“功能团”(Functional Guild)的概念、思路和方法，及其从健康人体口腔菌群中找到的FBA功能团。该功能团主要由厚壁菌门(Firmicutes，F)、拟杆菌门(Bacteroidetes，B)和放线菌门(Actinobacteria，A)细菌构成，整体呈现为F与B两个菌门协同抑制A菌门的结构，并且通常为健康口腔网络中物种数最多且密度最高的模块。具体表现为该功能团由两个子功能团构成(Sub‑Guild)：其中一个的物种组成主要为F和B菌门细菌，另一个主要为A菌门细菌。两个子功能团内部各自的物种间均为协同合作关系，但两子功能团间却为完全的拮抗竞争关系。FBA功能团可有效反映口腔内环境的稳定性(Homeostasis)，为口腔健康及口腔疾病愈后状况监测奠定了生物学基础。
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公开(公告)号：CN113122646A
公开(公告)日：2021-07-16
申请号：CN202010072903.6
申请日：2020-01-15
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
Abstract: 本发明涉及生物信息技术及医疗健康领域，公开了一类炎性肠病(IBD)特异性微生物检测靶标及其应用，其特征在于这类靶标涉及Clostridium tertium，Odoribacter splanchnicus，Ruminococcus gnavus和Flavonifractor plautii四种细菌中的任意一种或数种。本发明基于微生物物种组成及物种间复杂网络结构等分析，通过比较IBD患者和健康对照肠道黏膜菌群间存在的差异，从众多候选微生物中筛选出上述四种细菌。这四种细菌与IBD的发病及病情恶化间存在显著的相关性。通过检测粪便或肠道黏膜内这四种细菌的变化，可辅助IBD的诊断和相关治疗效果的评估。这四种细菌也可作为治疗靶标，用于包括药物、益生菌及粪便移植等在内的任何IBD治疗当中，同时也为IBD相关治疗制剂和治疗策略的研发提供了思路和基础。
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公开(公告)号：CN110021338A
公开(公告)日：2019-07-16
申请号：CN201711223008.4
申请日：2017-11-20
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G16B5/00
Abstract: 本发明公开了一种定量监测微生物群落结构变化趋势的方法，具体指基于微生物群落多样性Hill numbers指数与时间关系的幂法则标度模型来监测或预测群落多样性随时间变化的方法。根据被测区域内微生物群落多样性(Hill numbers)指标，通过建立“幂法则标度模型”和“指数截断的幂法则标度模型”，分别构建累积群落多样性指数与累积采样时间之间的数学模型，并根据模型参数获得一套评估体系，从而能够有效地评估或预测群落多样性随时间的变化。该方法可用于监测或预测自然界中各种(包括人体、食品、水质、土壤等)微生物生态群落多样性随时间的变化，特别是人体微生物菌群，从而为菌群相关疾病的个性化精准诊治以及健康菌群的监测和预测提供定量化指标。
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公开(公告)号：CN110021337A
公开(公告)日：2019-07-16
申请号：CN201710949841.0
申请日：2017-09-29
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G16B5/00
Abstract: 本发明公开了一种预测和评估微生物群落结构的方法，具体指基于物种多样性指数与区域范围关系的幂法则标度模型来预测区域内微生物群落多样性分布的方法。本发明对采样位点进行随机抽样排序和累积，获取累积采样位点下的累积物种多样性，并通过幂法则和指数截断的幂法则标度模型分别构建数学模型。重复上述抽样拟合过程若干次，根据模型的平均参数构建一套综合评估体系，该体系可有效监测或预测微生物群落物种多样性在监测区域内的分布规律。本发明可用于自然界中各类微生物生态群落分布和结构的监测或预测，特别适用于人体微生物菌群。通过预测菌群的结构，本发明可用于人体健康状况的评估，并为菌群相关疾病的个体化诊断和治疗提供定量化指标。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN107616223A
公开(公告)日：2018-01-23
申请号：CN201610584196.2
申请日：2016-07-14
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: A23C9/12
Abstract: 本发明涉及生物信息技术和医疗健康领域，主要针对产妇因饮食、代谢疾病、孕周等因素导致的母乳质量降低问题，公开了一类可以同时改善母乳或配方奶粉中多种代谢产物的微生物及其应用.发明人通过数据分析和生物信息学分析得到的微生物隶属于丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)细菌和芽孢杆菌属(Bacillus)细菌，其中丛毛单胞菌科细菌可以提高母乳中二十二碳六烯酸，也即通常所称的“脑黄金”，以及肌醇的含量，并与芽孢杆菌属细菌联合抑制无益代谢产物丁醛的升高.该类微生物的发现为制定全面改善母乳质量的饮食调节、生物制剂及化学制剂的方法奠定了生物学基础，为通过生物制剂和化学制剂手段提高配方奶粉营养成分奠定了技术开发基础。
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公开(公告)号：CN110021338B
公开(公告)日：2021-09-17
申请号：CN201711223008.4
申请日：2017-11-20
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G16B5/00
Abstract: 本发明公开了一种定量监测微生物群落结构变化趋势的方法，具体指基于微生物群落多样性Hill numbers指数与时间关系的幂法则标度模型来监测或预测群落多样性随时间变化的方法。根据被测区域内微生物群落多样性(Hill numbers)指标，通过建立“幂法则标度模型”和“指数截断的幂法则标度模型”，分别构建累积群落多样性指数与累积采样时间之间的数学模型，并根据模型参数获得一套评估体系，从而能够有效地评估或预测群落多样性随时间的变化。该方法可用于监测或预测自然界中各种(包括人体、食品、水质、土壤等)微生物生态群落多样性随时间的变化，特别是人体微生物菌群，从而为菌群相关疾病的个性化精准诊治以及健康菌群的监测和预测提供定量化指标。
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公开(公告)号：CN110021350B
公开(公告)日：2021-05-14
申请号：CN201711289534.0
申请日：2017-11-29
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G16B25/00
Abstract: 本发明公开了一种预测和评估微生物结构的方法，具体指基于物种多样性指数与区域范围和时间尺度关系的幂法则标度模型预测微生物群落多样性在时间和空间尺度上分布变化的方法。通过对采样位点进行随机抽样排序，按照采样位点和采样时间顺序对物种丰度信息进行累积，计算累积时空下物种多样性指数，并通过幂法则标度模型构建数学模型。重复上述抽样拟合过程，利用模型的平均参数构建一套综合评估体系。该指标可全面、有效地监测或预测自然界中各类微生物生态群落的结构特征和分布规律，尤其适用于人体微生物菌群。根据特定菌群的结构随时空变化的规律，本发明可以为人体健康状况的评估以及菌群相关疾病的诊断和治疗提供可靠的定量指标和生态学基础。
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公开(公告)号：CN110021350A
公开(公告)日：2019-07-16
申请号：CN201711289534.0
申请日：2017-11-29
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
IPC: G16B25/00
Abstract: 本发明公开了一种预测和评估微生物结构的方法，具体指基于物种多样性指数与区域范围和时间尺度关系的幂法则标度模型预测微生物群落多样性在时间和空间尺度上分布变化的方法。通过对采样位点进行随机抽样排序，按照采样位点和采样时间顺序对物种丰度信息进行累积，计算累积时空下物种多样性指数，并通过幂法则标度模型构建数学模型。重复上述抽样拟合过程，利用模型的平均参数构建一套综合评估体系。该指标可全面、有效地监测或预测自然界中各类微生物生态群落的结构特征和分布规律，尤其适用于人体微生物菌群。根据特定菌群的结构随时空变化的规律，本发明可以为人体健康状况的评估以及菌群相关疾病的诊断和治疗提供可靠的定量指标和生态学基础。
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公开(公告)号：CN110144382A
公开(公告)日：2019-08-20
申请号：CN201810159082.2
申请日：2018-02-11
Applicant: 中国科学院昆明动物研究所
Abstract: 本发明公开了一种检测乳腺或乳汁样本菌群组成来评估乳腺健康状况和母乳质量的方法及其应用，其特征在于检测乳腺组织或乳汁样本菌群中葡萄球菌属和棒状杆菌属的含量，以及它们在菌群中所占的比例。基于该方法所得的检测结果可用于预测评估女性乳腺炎(包括哺乳期及非哺乳期乳腺炎)的患病风险，并指导乳腺炎的诊断、治疗和预后评估；此外，还可用于哺乳期女性母乳质量的评估。对于存在患病风险或母乳质量较低的健康女性，可依据前述检验结果拟定饮食结构调整方案，该方案可直接或间接地改善乳腺和/或母乳菌群结构，从而实现相应预防保健目的。本发明为预防和治疗乳腺炎提供了微生物学依据和有效技术，也为评估和改善母乳质量提供了可能。
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