公开(公告)号：CN110767262A

公开(公告)日：2020-02-07

申请号：CN201910879727.4

申请日：2019-09-18

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  宋梦华 ,  刘建平 ,  章琪 ,  李干

IPC: G16B5/20 ,  G16B15/10 ,  G16B20/30

Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于结构的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导高亲和力核酸适配体的优化设计；进而采用核酸适配体表面结合能的能貌图评估设计方案。本发明已用于特异结合毒素GTX1/4的核酸适配体GO18-T-d的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为75.63 nM。通过优化得到GO18-T-d的一个截短型核酸适配体(GO18-T-d_S)，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了20倍；说明本优化方法是合理且有效的。

公开(公告)号：CN110718265A

公开(公告)日：2020-01-21

申请号：CN201910835138.6

申请日：2019-09-05

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  刘建平 ,  章琪 ,  李干 ,  宋梦华

IPC: G16B5/00 ,  G16B50/00

Abstract: 本发明属于核苷酸三级结构预测技术领域，具体为一种靶向生物毒素的G-四联体式核酸适配体三级结构预测方法。本发明方法包括：G-四联体二级结构预测；G-四联体三级拓扑构型预测；核酸适配体末端补全和结构优化；温度依赖型分子动力学模拟（包括两个过程：恒温分子动力学模拟和升温分子动力学模拟）；采用RMSD分析方法获得最稳定核酸三级结构模型。本发明方法已用于预测靶向膝沟藻毒素的特异性核酸适配体序列GO18-T-d的三级结构，该序列为已知的通过指数富集配基进化技术筛选得到G-四联体式适配体序列，通过圆二色谱实验检测到其G-四联体构型为平行式G-四联体构型，预测结果与圆二色谱实验检测结果完全吻合，证明本预测方法具有良好的准确性。

公开(公告)号：CN114990123A

公开(公告)日：2022-09-02

申请号：CN202210626699.7

申请日：2021-04-13

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  李园园 ,  刘建平 ,  宋梦华 ,  颜志超

IPC: C12N15/115 ,  G01N33/53 ,  G16C10/00

Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明对之前已发现的TTX适配体AI‑57（平衡解离常数为28.34 nM）进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。该适配体的亲和力高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体AI‑52用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。

公开(公告)号：CN112210587B

公开(公告)日：2021-04-30

申请号：CN202010924315.0

申请日：2020-09-04

Applicant: 复旦大学

Inventor： 黄强 ,  宋梦华 ,  刘建平 ,  颜志超 ,  李园园

IPC: C12Q1/6811 ,  C12N15/115

Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于单核苷酸分子对接的核酸适配体设计方法。本发明从靶标小分子的实验结构出发，通过水合对接获得结合在靶标小分子周围的核苷酸位置；随后将离散的核苷酸组装为完整的核酸适配体；最后采用MST实验检测所设计核酸适配体与靶标小分子的结合能力。本发明已用于毒素小分子冈田酸(OA)的核酸适配体设计中；该毒素是一种分布广泛的海洋生物毒素，会导致腹泻型贝类中毒，因此检测海产品中的OA对于食品安全具有重要意义。通过计算方法设计得到靶向OA的核酸适配体OA‑D1，MST实验验证该核酸适配体与OA的平衡解离常数为75.6 nM；说明该计算设计方法是合理且有效的。