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公开(公告)号：CN103852513B
公开(公告)日：2016-01-06
申请号：CN201210501813.X
申请日：2012-11-29
Applicant: 中国科学院计算技术研究所 , 北京市生命科学研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明提供一种基于HCD与ETD质谱图的肽段从头测序方法及系统，该方法包括：步骤1，将HCD与ETD的质谱图对应起来形成一个新质谱图，对所述新质谱图进行预处理，检测出有效谱峰并删除干扰谱峰；步骤2，根据所述有效谱峰构建有向无环图；步骤3，在所述有向无环图中寻找符合权重规则的路径，并根据所述路径生成候选肽段；步骤4，将所述候选肽段与所述新质谱图进行匹配打分，按照打分结果将所述候选肽段进行排序并输出。本发明弥补了单种碎裂类型引起的谱峰不全的缺点，结合HCD与ETD谱图各自的优点，提高从头测序的准确度。同时在从头测序之前进行预处理，去除大量同位素谱峰与噪音谱峰，避免其对从头测序算法造成干扰。并利用更加有区分度的打分算法，提高了从头测序的性能。
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公开(公告)号：CN103852513A
公开(公告)日：2014-06-11
申请号：CN201210501813.X
申请日：2012-11-29
Applicant: 中国科学院计算技术研究所 , 北京市生命科学研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明提供一种基于HCD与ETD质谱图的肽段从头测序方法及系统，该方法包括：步骤1，将HCD与ETD的质谱图对应起来形成一个新质谱图，对所述新质谱图进行预处理，检测出有效谱峰并删除干扰谱峰；步骤2，根据所述有效谱峰构建有向无环图；步骤3，在所述有向无环图中寻找符合权重规则的路径，并根据所述路径生成候选肽段；步骤4，将所述候选肽段与所述新质谱图进行匹配打分，按照打分结果将所述候选肽段进行排序并输出。本发明弥补了单种碎裂类型引起的谱峰不全的缺点，结合HCD与ETD谱图各自的优点，提高从头测序的准确度。同时在从头测序之前进行预处理，去除大量同位素谱峰与噪音谱峰，避免其对从头测序算法造成干扰。并利用更加有区分度的打分算法，提高了从头测序的性能。
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公开(公告)号：CN103810200A
公开(公告)日：2014-05-21
申请号：CN201210451907.0
申请日：2012-11-12
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F17/30
CPC classification number: G06F19/18
Abstract: 本发明有关于一种开放式蛋白质鉴定的数据库搜索方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，输入蛋白质序列，模拟切分每一条蛋白质序列，并将所有生成的子序列按照质量排序，生成肽序列数据表，并根据该肽序列数据表建立索引文件；步骤2，输入质谱图，对每张质谱图，提取谱峰生成查询集合，查询所述索引文件，得到序列集合；步骤3，对每张质谱图及其对应的序列集合，根据修饰组合，生成候选肽段并打分；步骤4，对打分结果进行整合，并进行肽段到蛋白质的推断，得到鉴定结果。本发明允许用户不指定酶切和修饰的类型，或指定其中的任意类型进行蛋白质鉴定，用于解决任意类型的酶切和修饰的鉴定问题。
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公开(公告)号：CN102043011A
公开(公告)日：2011-05-04
申请号：CN201010515241.1
申请日：2010-10-20
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N27/62
Abstract: 本发明提供一种电子转运裂解质谱预处理方法，包括：计算母离子的质荷比和电荷状态；计算母离子峰及其同位素峰在电子转运裂解质谱中可能出现的区域；计算母离子的系列衍生峰在电子转运裂解质谱中可能出现的区域；计算母离子的中性丢失峰在电子转运裂解质谱中可能出现的区域；将所述电子转运裂解质谱中由计算得到的区域中的谱峰去除，以去除未碎裂的母离子峰、母离子的系列衍生峰以及母离子的中性丢失峰。
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公开(公告)号：CN101714187A
公开(公告)日：2010-05-26
申请号：CN200810223683.1
申请日：2008-10-07
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G06F19/00
Abstract: 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列在各个计数窗口内的数量；根据计算机内存的大小得到在计算机内存中一次可处理的肽序列的数量，结合肽序列在各个计数窗口内的数量，得到在计算机内存中一次处理的肽序列的质量范围段；对蛋白质数据库做模拟酶切，将所得到的在一个质量范围段内的肽序列保存在计算机内存中，并在计算机内存中完成对所保存肽序列的排序、去冗余以及建立词典和倒排表的操作；为每个质量范围段建立词典和倒排表。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN115019889B
公开(公告)日：2024-11-26
申请号：CN202210678907.8
申请日：2022-06-15
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明提出一种化学探针鉴定与评估方法、装置，所述方法包括：对经过轻重同位素标记的给定化学探针质谱实验数据集搜索，确定高丰度蛋白质的常见质量修饰数据集；对所述常见质量修饰数据集通过盲搜，确定含有未知质量修饰的谱图作为候选未知质量修饰数据集；对所述候选未知质量修饰数据集通过可信度评估，筛选出高可信度未知质量修饰数据集；将所述常见质量修饰数据集与高可信度未知质量修饰数据集结合后，通过限定式搜索得到目标未知质量修饰。通过该方法在保证可信度的条件下，对目标未知质量修饰能够进行精准刻画和有效评估。
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公开(公告)号：CN115019889A
公开(公告)日：2022-09-06
申请号：CN202210678907.8
申请日：2022-06-15
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明提出一种化学探针鉴定与评估方法、装置，所述方法包括：对经过轻重同位素标记的给定化学探针质谱实验数据集搜索，确定高丰度蛋白质的常见质量修饰数据集；对所述常见质量修饰数据集通过盲搜，确定含有未知质量修饰的谱图作为候选未知质量修饰数据集；对所述候选未知质量修饰数据集通过可信度评估，筛选出高可信度未知质量修饰数据集；将所述常见质量修饰数据集与高可信度未知质量修饰数据集结合后，通过限定式搜索得到目标未知质量修饰。通过该方法在保证可信度的条件下，对目标未知质量修饰能够进行精准刻画和有效评估。
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公开(公告)号：CN111524549A
公开(公告)日：2020-08-11
申请号：CN202010244337.2
申请日：2020-03-31
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明涉及一种基于离子索引的整体蛋白质鉴定方法与系统，其流程包括质谱的预处理、蛋白质变体的鉴定和可信度打分，其中在质谱的预处理过程中增加母离子在多电荷状态下理论与实验同位素模式匹配误差之和作为特征进行母离子候选电荷范围的剪枝及候选母离子的打分排序，在蛋白质变体的鉴定过程中使用序列标签技术获取候选蛋白质，并使用母离子质量约束，及蛋白质枚举的两翼标签和质谱上提取的标签来获取所有可能的两端截断的候选蛋白质序列，最后使用滑动窗口技术进行优化。本发明通过以上技术创新，能够在鉴定系统维持高效的基础上，提高了鉴定算法的灵敏度和速度，增加了可检测蛋白质的数量范围。
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公开(公告)号：CN106248844B
公开(公告)日：2018-05-04
申请号：CN201610941299.X
申请日：2016-10-25
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
IPC: G01N30/86
Abstract: 本发明提出一种肽段液相色谱保留时间预测方法及系统，涉及生物信息学，该方法包括对原始质谱数据文件进行搜索，获取肽段‑谱图匹配作为鉴定结果，对于所述鉴定结果中FDR小于1％的来自目标库的肽段‑谱图匹配，提取肽段‑谱图匹配中相应肽段的实验保留时间，并设置训练样本与测试样本；使用所述训练样本，将带有修饰的氨基酸作为新氨基酸，建立多元线性回归模型，使用梯度下降法求解每种氨基酸的保留系数；对所述训练样本中的每条肽段，提取56维特征，并计算相应的特征值；建立预测模型，对所述测试样本中已知序列的肽段进行保留时间预测。本发明可以用于不同色谱条件下带有修饰的肽段的保留时间预测，大大提升了速度，在不同的数据集合上与Elude对比，速度加快了30倍以上。
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公开(公告)号：CN107729719A
公开(公告)日：2018-02-23
申请号：CN201710913734.2
申请日：2017-09-30
Applicant: 中国科学院计算技术研究所
Abstract: 本发明提一种从头测序方法，该方法包括：在通过酶切产生的两个数据集中查找镜像肽段对应的镜像谱图；从所述镜像谱图中检测高可信谱峰和普通谱峰；根据所述高可信谱峰和普通谱峰构建有向无环图，其中，所述高可信谱峰对应的结点是高可信结点，普通谱峰对应的结点是普通结点；基于所构建的有向无环图生成候选肽段。本发明的方法利用镜像谱图相互佐证，能够提高肽段从头测序的准确率。
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