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公开(公告)号：CN114990201B
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202210639547.0
申请日：2022-06-08
申请人： 东北林业大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： C12Q1/6851 , C12Q1/689 , C12Q1/6888 , G16B20/40 , G16B20/10 , G16B20/20 , G16B25/20 , G16B30/10 , G16B30/20
摘要： 一种基于粪便总DNA应用于不同遗传分析的可行性评估方法，属于分子生物学技术领域。为了填补当前粪便DNA应用于不同遗传分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白，本发明以细菌的16srRNA基因、动物线粒体基因组上的ND5基因和核基因组上的RPS27A基因为目标，采用相应引物建立荧光定量PCR体系，分别测定粪便总DNA中细菌DNA、动物线粒体DNA(mtDNA)和核DNA(nuDNA)的拷贝数。以细菌DNA的拷贝数为参照，构建了mtDNA和nuDNA相对丰度(RmtDNA、RnuDNA)两个指标，并分别建立了粪便DNA应用于以PCR技术为基础的SNP分型、STR分型和以高通量测序技术为基础的线粒体基因组组装和全基因组重测序场景下的成功率与RmtDNA和RnuDNA的关系模型，作为预评估粪便DNA在不同遗传分析中可用性的工具。
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公开(公告)号：CN114990201A
公开(公告)日：2022-09-02
申请号：CN202210639547.0
申请日：2022-06-08
申请人： 东北林业大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： C12Q1/6851 , C12Q1/689 , C12Q1/6888 , G16B20/40 , G16B20/10 , G16B20/20 , G16B25/20 , G16B30/10 , G16B30/20
摘要： 一种基于粪便总DNA应用于不同遗传分析的可行性评估方法，属于分子生物学技术领域。为了填补当前粪便DNA应用于不同遗传分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白，本发明以细菌的16srRNA基因、动物线粒体基因组上的ND5基因和核基因组上的RPS27A基因为目标，采用相应引物建立荧光定量PCR体系，分别测定粪便总DNA中细菌DNA、动物线粒体DNA(mtDNA)和核DNA(nuDNA)的拷贝数。以细菌DNA的拷贝数为参照，构建了mtDNA和nuDNA相对丰度(RmtDNA、RnuDNA)两个指标，并分别建立了粪便DNA应用于以PCR技术为基础的SNP分型、STR分型和以高通量测序技术为基础的线粒体基因组组装和全基因组重测序场景下的成功率与RmtDNA和RnuDNA的关系模型，作为预评估粪便DNA在不同遗传分析中可用性的工具。
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公开(公告)号：CN111724858B
公开(公告)日：2024-06-07
申请号：CN202010407899.4
申请日：2020-05-14
申请人： 东北林业大学 , 中国大熊猫保护研究中心
IPC分类号： G16B30/00
摘要： 本发明公开一种利用软件运行基因组序列比对修补GAP的方法，其通过将自己组装的有GAP的基因组序列与数据库中已发布的参考基因组进行比对得到GAP位置信息，再将原始下机数据与参考基因组进行比对得到最佳候选碱基信息，然后将最佳候选碱基替换组装基因组的GAP区域，从而得到最终的补全GAP的基因序列。
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公开(公告)号：CN111724858A
公开(公告)日：2020-09-29
申请号：CN202010407899.4
申请日：2020-05-14
申请人： 东北林业大学 , 中国大熊猫保护研究中心
IPC分类号： G16B30/00
摘要： 本发明公开一种利用软件运行基因组序列比对修补GAP的方法，其通过将自己组装的有GAP的基因组序列与数据库中已发布的参考基因组进行比对得到GAP位置信息，再将原始下机数据与参考基因组进行比对得到最佳候选碱基信息，然后将最佳候选碱基替换组装基因组的GAP区域，从而得到最终的补全GAP的基因序列。
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