公开(公告)号：CN114990201B

公开(公告)日：2024-05-03

申请号：CN202210639547.0

申请日：2022-06-08

申请人： 东北林业大学 ,  深圳华大生命科学研究院

发明人： 徐艳春 ,  崔靓玉 ,  杨淑慧 ,  刘博洋 ,  兰天明 ,  李晓平 ,  刘欢 ,  张小芳 ,  李海盟 ,  朱翌馨 ,  张乐

IPC分类号： C12Q1/6851 ,  C12Q1/689 ,  C12Q1/6888 ,  G16B20/40 ,  G16B20/10 ,  G16B20/20 ,  G16B25/20 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20

摘要： 一种基于粪便总DNA应用于不同遗传分析的可行性评估方法，属于分子生物学技术领域。为了填补当前粪便DNA应用于不同遗传分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白，本发明以细菌的16srRNA基因、动物线粒体基因组上的ND5基因和核基因组上的RPS27A基因为目标，采用相应引物建立荧光定量PCR体系，分别测定粪便总DNA中细菌DNA、动物线粒体DNA(mtDNA)和核DNA(nuDNA)的拷贝数。以细菌DNA的拷贝数为参照，构建了mtDNA和nuDNA相对丰度(RmtDNA、RnuDNA)两个指标，并分别建立了粪便DNA应用于以PCR技术为基础的SNP分型、STR分型和以高通量测序技术为基础的线粒体基因组组装和全基因组重测序场景下的成功率与RmtDNA和RnuDNA的关系模型，作为预评估粪便DNA在不同遗传分析中可用性的工具。

公开(公告)号：CN114990201A

公开(公告)日：2022-09-02

申请号：CN202210639547.0

申请日：2022-06-08

申请人： 东北林业大学 ,  深圳华大生命科学研究院

发明人： 徐艳春 ,  崔靓玉 ,  杨淑慧 ,  刘博洋 ,  兰天明 ,  李晓平 ,  刘欢 ,  张小芳 ,  李海盟 ,  朱翌馨 ,  张乐

IPC分类号： C12Q1/6851 ,  C12Q1/689 ,  C12Q1/6888 ,  G16B20/40 ,  G16B20/10 ,  G16B20/20 ,  G16B25/20 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20

摘要： 一种基于粪便总DNA应用于不同遗传分析的可行性评估方法，属于分子生物学技术领域。为了填补当前粪便DNA应用于不同遗传分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白，本发明以细菌的16srRNA基因、动物线粒体基因组上的ND5基因和核基因组上的RPS27A基因为目标，采用相应引物建立荧光定量PCR体系，分别测定粪便总DNA中细菌DNA、动物线粒体DNA(mtDNA)和核DNA(nuDNA)的拷贝数。以细菌DNA的拷贝数为参照，构建了mtDNA和nuDNA相对丰度(RmtDNA、RnuDNA)两个指标，并分别建立了粪便DNA应用于以PCR技术为基础的SNP分型、STR分型和以高通量测序技术为基础的线粒体基因组组装和全基因组重测序场景下的成功率与RmtDNA和RnuDNA的关系模型，作为预评估粪便DNA在不同遗传分析中可用性的工具。

公开(公告)号：CN110970086A

公开(公告)日：2020-04-07

申请号：CN201811161836.4

申请日：2018-09-30

申请人： 深圳华大生命科学研究院

发明人： 兰天明 ,  徐文浩 ,  罗忻 ,  郭小森

IPC分类号： G16B5/00 ,  G16B20/30 ,  G16B30/00

摘要： 本申请公开了一种从古DNA数据中过滤现代DNA污染的方法及其应用。本申请过滤现代DNA污染的方法，包括对古DNA的Illumina二代测序原始数据进行古DNA特征过滤，具体包括根据古DNA脱氨基特征对Illumina二代测序原始数据进行现代DNA污染过滤，即过滤后保留古DNA脱氨基造成的5’端至少N个C->T突变，和/或3’端至少M个C->T突变的读长。本申请的方法，能对目前广泛使用的Illumina平台数据进行处理，本申请采用最适合于古DNA的对比对算法和参数，在适合的N和M值下，能使过滤后的污染率达到0，是目前为止过滤强度最大的方法之一，为后续的古DNA的深入研究奠定了基础。